עם השנים, וכתוצאה מהתפרצות הרי געש בגולן, חלקו הדרומי של עמק החולה נסתם בלבה, ובשטח העמק נוצרו אגם, ביצה ואזור ביצה למחצה. אדמת העמק שבעבר שימשה לחקלאות ולהתיישבות, הפכה במרוצת השנים לאדמת ביצות שאינה ראוייה לעיבוד. האדמות שלא היו ביצתיות הוצפו לעתים קרובות במי התהום הסמוכים לפני השטח כתוצאה משקיעות קרקע.
עם חידוש ההתיישבות היהודית בעמק בשלהי המאה ה-19 נוצר צורך בייבוש הביצות. מפעל הייבוש התעכב עד לאחר קום המדינה, ובשנת 1951 החלה קק"ל בביצוע מה שנחשב לפרויקט הציוני הגדול ביותר עד לאותם ימים: ייבוש אגם החולה וביצותיו, שהשתרעו על פני כ-40,000 דונם. הייבוש השפיע גם על 18,000 דונם נוספים שהוצפו בחורף.
ייבוש החולה, 1955. צילום: ארכיון קק"ל
המטרות העיקריות של ייבוש החולה היו: תוספת יישובים חקלאיים; הכשרת קרקע לחקלאות; ביטול איבוד המים המתאדים מהאגם (ההערכות דיברו על 28 מיליון מ"ק מים בשנה); כריית אדמת הכבול הביצתית ומכירתה כזבל אורגני וכחומר דלק.
ייבוש החולה נעשה על ידי העמקת אפיק הירדן מדרום לעמק וחפירת שתי תעלות שניקזו את מי האגם והביצות. ערוץ הירדן המקורי שזרם בעמק נזנח במשך השנים ונסתם. קק"ל הותירה, לבקשתם של חובבי הטבע, שטח של כ-3,000 דונם לשמורת הטבע הראשונה בישראל.
בעקבות הייבוש נוספו לגליל 65,000 דונם של קרקע חקלאית, הישג בלתי מבוטל. מבחינות אחרות התברר שהייבוש הביא תועלת פחותה מהמצופה, ואף גרם נזקים סביבתיים של ממש. אחת הבעיות החמורות היא פגיעה באיכות המים שזורמים לכנרת. תרכובות חנקניות, שבהן מדשנים את השדות, מתנקזות מעמק החולה לכנרת, ופוגעות באיכות המים באגם.