חבל יתיר שוכן באזור המעבר שבין הרי יהודה לנגב. זהו מרחב הררי, שפסגותיו מתנשאות לגובה של עד כ-700 מ' מעל פני הים. כמקום השוכן בספר המדבר, כמות המשקעים בחבל יתיר זעומה למדי ומסתכמת בכ-250 מ"מ גשם בשנה בממוצע. רוב השטח מכוסה סלעי קירטון, סלע שאינו מעביר מים כמעט, תכונה המוסיפה ליובש הקרקע.