בתחילת שנות ה-30 של המאה ה-20 הגיעה שמועה לסוחרי הקרקעות האחים עשהאל ויואב צוקרמן, שערביי הכפר בית עפא מעוניינים למכור את האדמות הפחות פוריות של כפרם. השניים רכשו את הקרקע ואף מצאו אנשי עסקים מירושלים ומרחובות שביקשו לנטוע במקום פרדס ולייצא את הזהב שגדל על העצים לחו"ל.
העסקה כמעט הושלמה לשביעות כל הצדדים, עד שהפרדסנים לעתיד נזכרו שכדי לגדל עצי תפוז צריך גם מים באיכות ראויה. הצוקרמנים שכרו כמה מערביי האזור לכריית באר. המים שהתגלו בעומק 64 מ' נשלחו לבדיקה במעבדה, והתשובה לא איחרה לבוא: 420 מ"ג כלור לליטר, מליחות גבוהה מדי לגידול תפוזים. העסקה לא יצאה לפועל. בשנת 1939 רכשו המוסדות הלאומיים את הקרקע מהאחים צוקרמן, ועד אז איכרי בית עפא המשיכו לגדל דורה (סורגום) באדמה הזנוחה כימים ימימה.
בעקבות המרד הערבי שפרץ באפריל 1936 ומסקנת ועדת פיל, הבינו אנשי המוסדות הלאומיים שחובה ליישב כל שטח ריק בארץ ישראל, משום שחלוקת הארץ בין הערבים ליהודים תיעשה על פי מפת ההתיישבות. יוסף וייץ, מראשי קק"ל שהתמסר לקידום ההתיישבות, הועיד את משימת ההתיישבות על אדמת בית עפא לגרעין "גבעת גנים". ב-9 ביולי 1939 הגיע לנחלת יהודה, מקום ההכשרה של הגרעין, והביא לחברים את הבשורה. ה"פצצה" שהשליך וייץ עוררה סערה והתנגדות עצומה: "יש לנו כבר אדמה בגליל, מה פתאום שנלך לנגב? אנחנו אפילו לא ראינו את המקום".
"רוצים לראות את המקום? אין בעיה", אמר וייץ. "למחרת בבוקר יצאו ארבעה נציגי החברים בליווי שני משוריינים לאדמת בית עפא. החברים עלו למקום שבו נמצא כיום מגדל המים וניסו להמתיק את הגלולה המרה: "כאן לא נצטרך לסקל את האדמה", אמר אחד. "דווקא יש כאן רוח נעימה", אמר שני. ה"מרגלים" חזרו לנחלת יהודה, ובהצבעה זכתה ההצעה להתיישב בנגב ברוב. יעקב (קובה) וילן, שהצביע נגד ההתיישבות בנגב, הבין את גודל השעה וביקש הצבעה חוזרת המעידה על שאר הרוח של החבורה: "הערב הזה ייכנס לדברי הימים", אמר. "אני מבקש שנצביע שוב והפעם נצביע כולנו כאיש אחד – לנגב".
וכך היה. שם הקיבוץ – נגבה – הוצע על ידי יוסף אריכא, שפעל במסגרת ועדת שמות היישובים על יד קק"ל (כיום ועדת השמות הממשלתית).