מוזיאון חומה ומגדל הוא מוזיאון יפה, מרתק ומיוחד במינו. המוזיאון שוכן בחלקו ב"בית האבן", מבנה מהמאה ה-19 שהתגוררו בו ראשוני חניתה. הבית, שבחצרו צומח עץ תות קשיש, בנוי על יסודות של כנסייה ביזנטית, שהותירה אחריה פסיפסים מרהיבים המוצגים במקום. המוזיאון מחולק ל-3 חלקים. חלק אחד מספר את סיפור עלייתה של חניתה כיישוב חומה ומגדל. התצוגה מציגה תמונות, חפצים ותעודות, והקהל מוזמן לצפות בסרטונים על אותה תקופה.
חלק שני מנציח את סיפורם של הנוטרים והשוטרים העבריים, שפעלו במסגרת השלטון הבריטי. מכוח זה קמה משטרת היישובים העבריים, שהגנה על יישובים מבודדים מפני מתקפות ערביות. המוזיאון מציג אוסף כלי נשק ודמויות נוטרים במדי התקופה וסרטון על התקופה.
אולם הארכיאולוגיה, החלק השלישי של המוזיאון, שוכן בחדר המשחזר את התקרה המקורית, ובו קשתות הנושאות קורות עץ ומחצלאות. בעת שיקום המבנה נמצאה רצפת פסיפס גדולה, שהשתרעה על פני 220 מ"ר. רוב חלקי הרצפה נמצאים במחסני רשות העתיקות. המוזיאון מציג פסיפס גיאומטרי ייחודי שאין שני לו בישראל. חלקים אחרים של הפסיפס מציגים חזיר כחיית בית, קשור לחבל. עוד במוזיאון: מטבעות חצי שקל מימי בית שני, שנועדו לתשלום מס לבית המקדש, כתובות וממצאים אחרים המלמדים על תולדות חניתה, יישוב הנזכר במקורותינו הקדומים.
בנוסף לכל אלה מוצגות באולם שבקומה השנייה של המוזיאון תערוכות מתחלפות.