גרם מדרגות עולה לפסגת הגבעה שבה נותרו שרידי נווה אילן הישנה. קק"ל רכשה את השטח מתושב אבו גוש ("האפנדי") שהתגורר בבית האבן הגדול הניצב עד ימינו באתר. הגבעה, המתנוססת כ-700 מ' מעל פני הים, נודעה אז בשם ח'ירבת אל-הווא (חורבת הרוחות), ובית האבן הגדול שבו זכה לכינוי "בית האפנדי".
רכישת הקרקע נועדה להקמת "קיבוץ-משלט", שאנשיו יפתחו בו משק חקלאי ובה בשעה יגנו על הדרך העולה מתל אביב לירושלים. באוקטובר 1946 עלה על הקרקע הגרעין שייסד את קיבוץ נווה אילן. הגרעין מנה 31 צעירים – 17 בנים ו-14 בנות, ניצולי שואה ולוחמי המחתרות. רבים מהם באו מצרפת. הם בנו אוהלים וצריפים מסביב לבית האפנדי, בית אבן גדול שנבנה בסוף המאה ה-19. הבית שימש חדר אוכל, מטבח ומרפאה. חשמל לא היה, והמים הובאו ליישוב במשאית ונאגרו בבור שבחצר.
במלחמת העצמאות מצאו עצמם חברי נווה אילן בלב אזור הקרבות. לאחר כ"ט בנובמבר 1947 ניתקו הערבים את הדרך לירושלים ותקפו את השיירות שביקשו לעלות לעיר. נווה אילן הפכה לעמדה הקדמית בחזית הדרך לירושלים. בראשית דצמבר נהרג אליעזר שוורץ, החלל הראשון מנווה אילן, מאש שנורתה עליו בעת שחרש חלקה במדרון ההר.
ב-8 במאי 1948, במסגרת מבצע "מכבי", יצא מנווה אילן כוח פלמ"ח לכיבוש פרוזדור ירושלים. לאחר הכרזת המדינה הפגיז הלגיון הירדני את המשלט שבנווה אילן מכיוון הכפר יאלו (אזור לטרון) וגרם נזקים כבדים ליישוב.
לאחר המלחמה ניצלו את הבונקרים לגידול פטריות, אך הקיבוץ התקשה להתפרנס מחקלאות. חברי הקיבוץ ניסו למצוא תעסוקה מחוץ ליישוב, אך ללא הועיל. בשנת 1956 התפרקה המסגרת השיתופית, והקיבוץ חוסל. למושב השיתופי נווה אילן, שנוסד בשנת 1963 למרגלות הגבעה, אין שום קשר לנווה אילן ההיסטורית.
נווה אילן ההיסטורית נמצאת בתחומו של פארק יצחק רבין. קק"ל שילטה את האתר בשילוט הסבר, אך האתר עדיין מחכה לשיקום, מה גם שבשנת 2007 גנבו גנבי מתכות את קורות הברזל של בית האפנדי, ותקרתו קרסה. בינתיים אפשר לשוטט בין הבונקרים ועמדות הבטון וליהנות מתצפית היקפית מרהיבה על הרי יהודה ועל המרחב של שפלת יהודה ומישור החוף.