בית צידה הוא אתר תיירות שמרגש כל צליין נוצרי העולה לרגל לארץ הקודש; לא פחות משלושה משליחי ישו הם אנשי כפר הדייגים הזה. אבל לאתר יש היסטוריה ארוכה הרבה יותר ולא פחות מרתקת. היישוב במקום נוסד עוד בימי המקרא, במאה ה-10 לפנה"ס. על פי סברת חופר האתר פרופ' רמי ערב, העיר ששכנה במקום אז הייתה בירת ממלכת גשור, והיא התקיימה כאן עד הכיבוש האשורי של תגלת פלאסר השלישי (732 לפנה"ס).
העיר השתרעה על פני יותר מ-80 דונם, שטח הגדול יותר משטחן של ירושלים, מגידו וחצור יחד באותה תקופה. מערך הביצור כלל חומה כפולה ושער מבוצר בצורה בלתי רגילה. אם נכונה סברתו של פרופ' ערב, ואין לנו סיבה לפקפק בכך, למקום הזה יש חשיבות רבה בתולדותנו. דוד המלך נשא לאישה את מעכה, בתו של תלמי מלך גשור. מי יודע, אולי בא לכאן כדי לבקש את ידה של האישה שילדה לו את אבשלום ותמר?
היישוב במקום התחדש בתקופה ההלניסטית ככפר דייגים קטן. אמנם בית צידה מרוחק מהכנרת כקילומטר וחצי, אך ייתכן שבאותם ימים השתרעה הכנרת על פני שטח נרחב יותר מזה של ימינו והגיעה עד מרגלות הגבעה ממש.בבית צידה נולדו לפחות שלושה מחשובי השליחים של ישו: פטרוס – שייסד את האפיפיורות ברומא; אנדריאס – פטרון הכנסייה היוונית-אורתודוקסית; ופיליפוס.
כאשר ערך את מסעותיו בגליל, ביקר ישו בבית צידה. הברית החדשה מספרת על שני ניסים שביצע במקום. הנס האחד הוא "נס הלחם והדגים" ולפיו האכיל ישו בחמש כיכרות לחם ובשני דגים כ-5,000 איש (לוקס ט 15-11); הנס השני הוא השבת מאור העיניים לאדם עיוור (מרקוס ח 26-22). אבל בסופו של דבר ישו לא רווה נחת מתושבי בית צידה שהתנגדו לתורתו, ובזעמו הטיח בהם קללה, שהתפרשה מאוחר יותר כנבואת חורבן: "אוי לך כורזין, אוי לך בית צידה כי הגבורות אשר נעשו בקרבכן, לו בצור ובצידון נעשו הלא כבר שבו בשק ואפר" (מתי יא 21).
במאה ה-1 שבה בית צידה להיות מקום מרכזי. פיליפוס, בנו של הורדוס, שירש מאביו את השלטון על הגולן, העניק לבית צידה זכויות של עיר, כנראה בשנת 30 לפני סה"נ. הוא קרא לעיר יוליאס, על שם אשתו של הקיסר אוגוסטוס ואמו של הקיסר טיבריוס. נראה כי פיליפוס בילה את השנים האחרונות לחייו בבית צידה ובה גם נקבר.
גורלה של בית צידה נחרץ בימי המרד היהודי ברומאים, בשנת 65-66 לספה"נ. החיילים המורדים, בפיקודו של יוסף בן מתתיהו, נלחמו בחיילים הרומאים בביצות שפך הירדן. במהלך הקרב מעד סוסו של יוסף בן מתתיהו ושקע בבוץ, ובן מתתיהו נפצע והורחק מהזירה. חייליו איבדו את רוח הלחימה ונסוגו. הרומאים הרסו את בית צידה והיא מעולם לא נבנתה עוד כעיר. בתיה פורקו ואבניה נמכרו לבניין היישובים הסמוכים, אך זכרה נותר חקוק בדברי ימי העולם.