מיד אחרי הפנייה לעין יואל מגיעים לצומת ובו דרך מסומנת ירוק. כדאי להמשיך בדרך הירוקה, הנוחה יותר למעבר. הדרך עוברת ביער קק"ל ומתחברת לאחר כ-3 ק"מ שוב עם הדרך המסומנת שחור. הדרך חולפת על פני תצפית נוף וחניון שממנו נשקפים נופי רכס עמינדב. בנחל רפאים שלמרגלותינו עוברת מסילת הברזל הישנה לירושלים.
כ-400 מ' מהמצפור נמצא עין קובי – פארק של ממש בזכות עצמו. כאן נובע אחד ממעיינות הנקבה היפים בהרי ירושלים. מי המעיין זורמים בנקבה תת-קרקעית שאורכה כ-12 מ' אל בריכת איגום תת-קרקעית גדולה, שעליה מכסה מבנה אבן. מבריכת האיגום המשיכו המים לזרום בנקבה שאורכה 17 מ' אל בריכה חיצונית, ומהמאגר נהגו להעביר את המים בתעלות לחלקות השלחין.
קק"ל, בשיתוף עם רשות העתיקות, שיקמה את מערכת המים ופתחה אותה לציבור, נטעה במקום עצי בוסתן והוסיפה חניון נופש וחניון לילה קטן ממזרח לדרך הפארק. אפשר לרדת בזהירות לבריכה התת-קרקעית בגרם מדרגות מתכת. מי שמחפש להגיע לבריכה בדרך הרפתקנית יותר מוזמן לרדת בסולם ברזל מאובטח דרך פיר שיורד לנביעה ונמצא כ-20 מ' מדרום לבריכה. זחילה קצרה ורטובה במורד הנקבה מגיע אל הבריכה התת-קרקעית ואל סיפון ברזל שמוביל למדרגות וליציאה. יש להצטייד בפנסים, בנעליים להליכה במים וברוח נעורים.
ספיקת המעיין היא בירידה מתמדת בשל מיעוט המשקעים הפוקד בשנים האחרונות את ישראל וגם בגלל הפסקת העיבוד והחריש המסורתי של הטרסות הישנות, פעולה שהגבירה את חידור המים לקרקע ולאגן הניקוז של המעיין.
ליד בריכת האיגום ניצב מבנה שיסודותיו בתקופה הרומית או הביזנטית. במהלך השנים הפך המבנה לבית תפילה מוסלמי. מעבר לדרך התגלו בחפירות ארכיאולוגיות גם שרידי כנסייה מהתקופה הצלבנית ובכללם פרסקו (ציור קיר על טיח לח) מרשים שכוסה כדי לשמור עליו מפגעי הזמן. הציורים ששרדו מתארים דמות לבושה גלימה אדומה ואוחזת ידית, רגל של בעל חיים וחלק תחתון של אדם לובש בגד קצר בצבע אדום. ייתכן שזה מה שנותר מסצנה המתארת את מרים הולכת לבית לחם או את המשפחה הקדושה בדרכה למצרים. מבנה ח'אן בעל אופי דומה התגלה בחורבת חנות (ליד מושב מטע), וייתכן שגם כאן הבית היה פונדק דרכים שהעניק שירותים לעולי הרגל לירושלים.
ממזרח למעיין, בין עצי היער, שוכנת חורבת קובי ובה שרידי מבנים קדומים, מערות קבורה ומתקנים חקלאיים חצובים בסלע. ביניהם פזורים גם חורבות הכפר הערבי אל קאבו, שננטש במלחמת העצמאות. יש המזהים את המקום עם כַּבּוֹן המקראית, שנזכרה כעיר בנחלת יהודה (יהושע טו, מ). יישוב בשם כבו נזכר גם במסעו של המלך האשורי סנחריב ליהודה. בתקופת המשנה נקרא היישוב קוֹבֵי (סנהדרין צא, ה).