לא קל לגדל כאן יערות. רוב שטח היער, במדרונות שמעל מנחמיה, בנוי מתצורות בירה וגשר הבנויות בעיקר מסלעי חוואר, קירטון ואף גבס – סלעים שאינם מגלים נדיבות לעצי יער. נוסף על כך חם מאוד בקיץ, וכמות המשקעים עומדת על כ-400 מ"מ גשם בשנה בממוצע.
יער מנחמיה ניטע לראשונה בשנות ה-60 במיני העצים המקובלים באותם ימים – בעיקר אורן ירושלים, איקליפטוס וטטרקליניס (מין דומה לברוש) ותוספות קטנות של אלה אטלנטית. במשך הזמן, בעיקר בעקבות כמה שנות בצורת, החלו עצים לקרוס, והיער הידלדל. לפני חמש שנים פתחה קק"ל במבצע לחידוש היער. בעקבות הניסיון שנצבר בקק"ל במשך השנים השתנו גם מיני העצים הניטעים, וליער נוספו בעיקר עצי איקליפטוס צופניים, עצי שיטה ועוד עצי טטרקליניס, שהוכיחו את התאמתם לתנאי הסביבה שבמקום. עד כה ניטעו 200 דונם, ועל פי תוכנית העבודה של שנת 2019 יינטעו 200 דונם נוספים.
בעיה נוספת שעומדת בפני היערנים היא מינים פולשים. מלבד השיטה הכחלחלה, פולש שכבש שטחים גדולים בישראל, נפוצה כאן שיטת ויקטוריה – עץ קוצני קטן שמקורו באוסטרליה ונחשב לפולש תוקפני בצפון הנגב, בדרום מערב הכינרת ובמורדות המערביים של הגולן.