ב-15 במאי 1948 פלש הצבא המצרי למדינת ישראל הצעירה. חמישה ימים אחר כך הפגיזו המצרים את בית אשל בתותחים ובמרגמות. בתוך שלוש שעות ספג היישוב הזעיר יותר מ-400 פגזים, ואלה הרסו את רוב המבנים במשק. משה אלברט (יצהר), מפקד גזרת בית אשל-נבטים, נהרג כאשר עלה לבית הביטחון לחלץ את מכשיר הקשר. מרבית בעלי החיים נהרגו, ואלה שנפגעו סבלו סבל רב והיה צורך להמיתם. מאוחר יותר פוצצו אנשי בית אשל את בית הביטחון, משום שסברו שהמצרים נעזרו בו כדי לטווח את היישוב.
לאחר ההפגזה נעו כוחות רגליים מצריים לעבר בית אשל, ששמרה כל העת על דממה כדי לחסוך בתחמושת. לפתע הם נסוגו. בתום המלחמה סיפר קצין מצרי שבוי שמפקד המתקפה לא הספיק להשיב את ידו לאחור לאחר שהכניס פגז למרגמה. הפגז פגע בידו, התפוצץ, גרם להרוגים במחנה המצרי ועצר את המתקפה.
הצבא המצרי לא שב עוד להסתער, אך הפגיז את בית אשל כמעט מדי יום ביומו. הביצורים הוכיחו את עצמם היטב. היישוב ספג לפחות 3,000 פגזים במשך חמישה חודשים, אך לא נרשמו עוד אבדות בנפש כתוצאה מההפגזות. היבולים, כמובן, אבדו.
במהלך ימי המתיחות הגיעו לבית אשל שש שיירות. השיירה האחרונה, שהגיעה ב-21 במאי, הביאה מלבד אספקה ותחמושת גם מתנדבים מבני מושבים, שכונו נערי ביל"ו. בשיירה הגיע גם יונתן דותן (ג'וני), שהחליף את משה יצהר ההרוג כמפקד הגזרה.
תנאי המגורים בבונקרים ובמקלט היו קשים. האוכל הוגש לכל אחד בנפרד, ועל האנשים נאסר להתאסף יחדיו מחשש לפגיעת פגז. האספקה הלכה והתמעטה. החברים פרסו פרוסות בשר מפרות שנפגעו ולאחר טבילה במלח תלו אותן לייבוש בשמש. הריח היה נורא, כמו גרביים מסריחים, אבל נתחי הבשר המיובש התבשלו במטבח ונאכלו בתיאבון. פרוסות הבשר נקראו "הגרביים של נתן", על שמו של הפר שנהרג בהפגזה...
תנאי החיים השתפרו לאחר שאנשי בית אשל סללו ליד נבטים מנחת למטוסים גדולים בעלי ארבעה מנועים, ואף התקינו בו תאורה כדי לאפשר המראה ונחיתה בלילות. מטוסי דקוטה נחתו במסלול זה פעם בשבוע והביאו אספקה רבה. מהמנחת נשאו אנשי בית אשל את האספקה על הגב, מרחק של 10 ק"מ. מאמצע אוגוסט 1948 ואילך זכו שני היישובים הנצורים לאספקה סדירה.
המצור המצרי הוסר ב-21 באוקטובר 1948, כאשר צה"ל כבש את באר שבע. למחרת התרחש אסון: קבוצת חברים נסעה מבית אשל לבאר שבע המשוחררת. בדרך עלה הטנדר על מוקש מצרי, וזאב (טיטי) גרינברג נהרג.
כמה ימים אחר כך, ב-25 באוקטובר, ביקר בבית אשל ראש הממשלה ושר הביטחון דוד בן גוריון. בתום הביקור הוא אמר: "כל מי שעבר את הגיהינום הזה ראוי לקבל מדליה מהדרגה הגבוהה ביותר". ואכן, בשנת 1982 זכו ותיקי בית אשל לקבל לידיהם את נס הקוממיות – אות הוקרה של צה"ל ליישובים ולמוסדות שעמדו בקרב מול האויב ולא נסוגו.