החפירות בכנסייה חשפו בצדה המזרחי קריפטה ואת גרם המדרגות שיורד אליה. משיקולים של בטיחות הקריפטה מולאה עפר, ובימים אלה מתכננים לפתוח לפחות חלק ממנה לקראת הצגתה לציבור.
גולת הכותרת של החפירות היא רצפת הפסיפס של הנרתקס (אולם המבוא) ושל האולם המרכזי של הכנסייה (4.2X10 מ'). הרצפה מעוטרת בעיטורים גיאומטריים ובמדליונים המתארים דמויות של בעלי חיים.
מבט בוחן בפסיפס מגלה שכמה מהדמויות בפסיפס מטושטשות, כאילו מישהו פירק את אבני הפסיפס, ערבב אותן והחזיר אותן לרצפה ללא סדר. דבר זה נעשה במאה ה-8 על ידי אנשי המנזר עצמו. באותה תקופה, כנראה בהשפעת עליית האסלאם, נתגלעה מחלוקת בנצרות בדבר הסגידה לתמונות, והיו שראו בזאת צורה של עבודת אלילים. הקיסר ליאו השלישי הטיל בשנת 730 איסור מוחלט על הצגת דמויות בכנסיות. בתקופתו הושמדו איקונות רבים, תקופה הידועה בכינוי איקונוקלאזם. ייתכן שההוראה הגיעה גם למנזר שבחורבת חנות, אך הנזירים מילאו אותה רק באופן חלקי משום שחסו על יצירת האמנות היפה שלהם.
בקצה המזרחי של הפסיפס התגלתה כתובת הקדשה ביוונית. זה תרגומה: "בזמנו של הכומר וראש המנזר תיאודורוס, החסיד האהוב שעולה על כולם, נעשתה הגומחה, נרכש הציוד והונחו הלוחות של קצה הכנסייה והדיאקוניקון (החדר הדרומי-מזרחי בכנסייה) מן היסוד בחודש אפריל של האינדיקציה ה-12" (אינדיקציה היא יחידת זמן בת 15 שנה. בשיטה זו השתמשה הנצרות במשך מאות שנים). הכתובת נכתבה במאה ה-6 לספירה.
הפסיפס גלוי עתה למבקרים במלוא תפארתו. הוא עבר ריפוי ושיקום במעבדות רשות העתיקות לאחר שאיקונוקלסטים בני ימינו פגעו בו קשות. הכתובת שבפסיפס שוחזרה על פי תצלומים ותיעוד קודם. השלמות של עיטורים שלא באבני הפסיפס המקוריות נעשו בצבעי שחור-לבן. ברשות העתיקות מקווים להשלים בעתיד עוד חלקים מהפסיפס.