בוני הח'אן הממלוכי הכירו את רצפת הפסיפס, אך התייחסו אליה כמשטח מפולס ולא הממלוכים פיתחו בארץ ישראל רשת מסועפת של דרכים שסייעה להם לקשר בין מרכזי השלטון שלהם במצרים ובסוריה. רשת דרכים זו הייתה הכלי שלהם לקיים שלטון יעיל ולהעניק ביטחון לשיירות הדרכים ולנתיבי המסחר, ופונדקי הדרכים היו חלק בלתי נפרד ממערך הדרכים הזה.
לירושלים, כעיר מקודשת, נודע כוח משיכה רב בעיני צליינים ועולי רגל מוסלמים ונוצרים. יש להניח שהפונדק בחורבת חנות שירת את עולי הרגל שעשו את דרכם לירושלים.
קירות החדר של המבנה הממלוכי נבנו על שולי הפסיפס עצמו. הבונים לא השחיתו את חלקי הפסיפס שנותרו גלויים. ייתכן שנהנו לראותם, ואם הפריעו להם מבחינה דתית, אולי כיסו אותם בשטיחים או בטיח, מנהג שהיה מקובל בתקופות מאוחרות יותר ונהוג גם בימינו.