מרחבת החניה הסמוכה לאנדרטה נצעד למדרון הדרומי של גבעת ניצנה. בראש הגבעה נמצאים שרידי מבני הציבור של האקרופוליס של העיר ואילו אנו נמצאים עתה במקום שבו הייתה העיר התחתונה. לא הרבה נשאר כאן, משום שהטורקים השתמשו באבני ניצנה כדי לבנות לעצמם את העיירה עוג'ה אל חפיר, שאליה נגיע בהמשך.
ניצנה נבנתה בצד הדרך מבקעת באר שבע לסיני. המקום נושב לראשונה בגל הראשון של ההתיישבות הנבטית (מאה 3 לפנה"ס). בתקופה הביזנטית העיר שימשה תחנה חשובה בנתיב הצליינות שהוביל לאתרים הקדושים של הר סיני. עובדה זו מסבירה את מספרן הגדול יחסית של הכנסיות שנמצא באתר. נתיב נוסף שעבר בניצנה הוביל לנמל עזה. בחפירות ניצנה התגלה "מטמון" בן כ-195 פפירוסים הכולל קטעים מן הספרות הקלאסית והכנסייתית ותעודות שונות.
סמוך לרחבת החניה נמצאות בארות שדופנותיהן מדופנות באבנים. הבארות מנצלות את אופק מי התהום שנשען כאן על שכבות אטימות של חוואר וחרסית. השכבות האלה נמצאות מתחת לשכבת הקירטון הלבן הבונה את גבעת ניצנה. הבארות האלה העניקו כנראה למקום את שמו הערבי – עוג'ה אל חפיר (העיקול עם הבאר), שכן הן שוכנות במקום שבו ערוץ נחל ניצנה יוצר עיקול חד.
סמוך לבארות נראים עמודים יפים של כנסייה ("הכנסייה המזרחית"), כנראה אחת מני רבות שפעלו בעיר התחתונה. שימו לב לאגן הטבילה (בפטיסטריום) שנמצא ממזרח לכנסייה, מחוצה לה. הכנסייה נבנתה בראשית ימי הנצרות בנגב. ראשוני המתנצרים נאלצו להיטבל לדתם החדשה מחוץ לכנסייה, ורק לאחר שהפכו לנוצרים כשרים, הותר להם לערוך את הפולחן בתוכה.
מאזור הכנסייה עולה גרם מדרגות יפהפה, שנבנה כנראה במאה הראשונה לספה"נ, כדי לקשר בין העיר התחתונה המתפתחת לעיר העליונה. המבנה הבולט ביותר כיום בעיר העליונה הוא בית החולים שבנו הטורקים בראש הגבעה. זהו מיקום מעט מוזר לבית חולים, שכן גרירת אנשים חולים במעלה הגבעה נראית כמו משימה קשה. ייתכן שמנהל המוסד, ד"ר רשאד עומר, ביקש להעניק להם אוויר קריר ונעים יותר בקיץ. מצפון למבנה זה נראים שרידי מנזר הכולל כנסייה ("הכנסייה הצפונית"). צמוד לו, מדרום, מתחת לבית החולים הטורקי, התגלו שרידי מצד מהתקופה הביזנטית.
מתחת לפינה הצפונית-מערבית של בית החולים נמצא חדר גדול בעל קמרון חבית. בדרך לגבעה הקטנה שבדרום האתר נחשפו שרידיהם של בתים גדולים. ייתכן שכאן התגוררו הכמרים של כנסיית מריה הקדושה, ששרידיה התגלו בראש הגבעה הדרומית. ייתכן גם שהמבנה שליד בית הכמרים שימש בית ספר.
נרד מהתל דרומה בגרם המדרגות שבו עלינו ונשוב לרכב להמשך הנסיעה. ניסע דרומה כ-500 מ' ונפנה שמאלה לכיוון מגדל מעוגל וגבוה בנוי אבן.