يعتبر نشاط التخطيط في الصندوق القومي الإسرائيلي هو الأساس لتخطيط الأنشطة طويلة الأمد للمنظمة وإدارة تطوير الأراضي بالإضافة إلى تخطيط أنشطتها الجارية.
قسم التخطيط مسؤول عن تمثيل الصندوق القومي الإسرائيلي مع أطراف من خارج المنظمة، وتمثيل الصندوق القومي الإسرائيلي في اللجان الإدارية الرسمية، في التخطيط الهيكلي، في التخطيط الاستراتيجي وغير ذلك.