מכון קק"ל לחקר הציונות וההתיישבות הוקם ב-1989 ביוזמת שמעון בן שמש, ומאז 2018 הוא חלק מיחידת המדען הראשי של קק"ל. המכון מעודד מחקר ועיון בתולדות הציונות, היישוב ומדינת ישראל, תומך בחוקרים ובמוסדות מחקר, משתתף בכנסים ויוזם פרסומים שמנגישים את הידע לציבור. בראש המכון עומד ד"ר עמית עסיס.