המדען הראשי בקרן קימת לישראל הוא הסמכות המדעית העליונה בכל ההיבטים המדעיים והמקצועיים שבהם עוסק הארגון, והוא אחראי להתוויית תכנון הפעילות המדעית, קביעת כיווניה וחיזוק הבסיס המקצועי עליו מושתתת פעילות קק"ל
ייעודה של יחידת המדען הראשי בקק"ל הוא לשמש כמעין ראש חץ מדעי-מקצועי עבור הארגון, אשר יביא למיצוי טוב יותר של יכולותיו, יחזק תשתית של קבלת החלטות מקצועיות ויקנה ידע מדעי ליחידות השטח. לשם כך, ממונה המדען הראשי על תכנון כיווני הפעילות המחקרית של קק"ל. היחידה נמצאת בקשרים מקצועיים עם מוסדות אקדמיים ועם גופי מחקר ישראליים ובינלאומיים, וגם מייצגת את קק"ל בפורומים מקצועיים וניהוליים, כמו המנהלת הבין-משרדית לשינויי אקלים, המנהלת הבין-משרדית לניהול אגני משלב, מליאת רשות הטבע והגנים, הוועדה הישראלית למורשת עולמית, ועדת השמות הממשלתית, הוועדה הישראלית לאדם וסביבה ועוד.