תורת ניהול היער בישראל, שהיא המסמך המנחה היום לניהול יערות ישראל, קובעת, בין השאר, שקק"ל שואפת לנהל יער בר קיימא תוך התייחסות לכלל מרכיבי המערכת היערנית, לא רק לעצים נטועים, כל זאת תוך התבססות ככל הניתן על תהליכים טבעיים.
אתר המחקר ביער הקדושים נועד לפתח מתווה ממשק יערני שייתן כלים בידי יערני קק"ל ליישום עקרונות אלו ויאפשר את עיצוב הדור הבא של היער בישראל כיער בר-קיימא.
המחקר באתר הקדושים בוחן השפעות ארוכות טווח של טיפולים יעראיים שנועדו לעידוד והכוונת התחדשות היער. במחקר נבחנים טיפולי דילול של עצי היער הבוגר וטיפולים נוספים בשכבת היער המתחדש.
הטיפולים היעראיים נבחנים לאור היעדים הבאים:
1. שימור חיוניותם של עצי היער, עמידותם וערכם הנופי.
2. יצירת דור היער הבא תוך התבססות, ככל הניתן, על תהליכי התחדשות טבעית של היער.
3. טיפוח המגוון הביולוגי הייחודי ליער.
4. עיצוב היער כמערכת אקולוגית בעלת גמישות (יכולת התאוששות לאחר הפרעה) וכושר הסתגלות (יכולת להתאים עצמה לתנאי סביבה משתנים).
5. פיתוח כלים לממשק יער בסביבה מוגבלת מים.