קק"ל מובילה את פעילות המנהלה לשיקום נחלי ישראל, שכוללת את הסדרת הנחלים כמערכת ניקוז, שימור קרקע מפני שיטפונות, סילוק מזהמים ופיתוח מקורות מים לאורך אפיקי הנחלים והפיכתם לצירי נופש ותיירות. בין השנים 2011-2001 שוקמו הנחלים אלכסנדר, חרוד, ירדן, שורק, לכיש, ציפורי, תנינים, בשור ובאר שבע. קק"ל תמשיך לפעול לשיקום הנחלים, המהווים משאב אקולוגי, חברתי ותיירותי חיוני.