מרכז כנרת הוקם מתוך תפיסה אסטרטגית לחיזוק הצפון כמוקד של עשייה חלוצית, טכנולוגית וחברתית, המשלבת בין ערכי הציונות לבין אתגרי האקלים והסביבה של המאה ה־21. המרכז פועל כזירה מחברת בין יזמות, מחקר, אקדמיה, תעשייה וחקלאות, ומקדם פתרונות חדשניים בתחומי האקלים, לרבות בחקלאות מתקדמת, מים, אנרגיה וסביבה. באמצעות ליווי מיזמים, השקעות, תוכניות האצה, שיתופי פעולה בין־מגזריים ויצירת קהילות חדשנות אזוריות, מהווה המרכז מנוע לצמיחה כלכלית חברתית וסביבתית בפריפריה הצפונית, ובדגש על אזור כנרת והעמקים.
עבור קק"ל, השותפות במרכז כנרת לחדשנות מבטאת המשך ישיר של החזון הציוני, פיתוח הפריפריה, קידום חדשנות והעמקת הקשר בין אדם, אדמה וקהילה. פעילות המרכז תורמת לביסוס הצפון כמרחב של הזדמנויות, מושכת הון אנושי איכותי ומקדמת פתרונות בני־קיימא לאתגרי האקלים והסביבה של מדינת ישראל. בכך, משמש מרכז כנרת לחדשנות כלי יישומי למימוש חזון קק"ל – חיזוק הצפון כעוגן לאומי של חדשנות, קיימות ותקווה לדורות הבאים.
מרכז החדשנות הינו שותפות בין קק”ל, מכללת כנרת וקבוצת צמח מפעלים. משכנו החדש הינו בבניין “פארק המדע והחדשנות” בצומת צמח, אשר נחנך בספטמבר 2025.