חדשנות אינה מטרה בפני עצמה אלא כלי לצמיחה, להתייעלות ולהשגת מטרות ויעדים. בהתאם לכך, תשולב חדשנות בכלל תחומי הפעילות היזומה, הן בפעילות פנים-ארגונית והן בפעילות חוץ-ארגונית. קק"ל תקדם הטמעה ואימוץ של חדשנות בעשייתה באמצעות פיילוטים ופרויקטים יישומיים, אשר יסייעו ליחידות השונות בהתמודדות עם אתגרי שינוי האקלים, ישמשו מנוע צמיחה לארגון וימצבו אותו כארגון חדשני ומתקדם.
אגף אקלים וקיימות יפעל לקידום חדשנות כאמצעי להעצמת ההשפעה של הארגון על תחום האקלים והקיימות בישראל. האגף יפעל לאורך כל שרשרת הערך בחדשנות, החל מקידום מיזמים חדשניים ותמיכה בארגונים שמחוללים ומקדמים חדשנות, וכלה בקידום אימוץ והטמעה של חדשנות בכלל המגזרים, בדגש על השלטון המקומי. עמידה ביעדי האקלים ברמה הלאומית וברמה הגלובלית מבוססת על פיתוח ומסחור של טכנולוגיות בראשית דרכן, ועל כן חדשנות היא חלק בלתי נפרד מהעיסוק באקלים. האגף יפעל לבניית מנגנוני התקשרות מתאימים עם המגזר העִסקי שיאפשרו קידום פתרונות פורצי דרך, לרבות באמצעות חברות הזנק, ולפעילות זו פוטנציאל ליצירת אפיקי הכנסה חדשים עבור הארגון.