לבית קק"ל היה תפקיד חשוב גם בעת הכרזת העצמאות של מדינת ישראל. כאשר התקבלה החלטת האו"ם על סיום תקופת המנדט הבריטי וחלוקת הארץ בין המדינה היהודית למדינה הערבית ביום כ"ט בנובמבר 1947, החלו ראשי הישוב להתייעץ האם לקבל את ההחלטה ולהכריז על מדינה יהודית עצמאית.
לדיונים אלה היו שותפים 13 נציגים מבין חברי הסיעות הפוליטיות השונות ביישוב, ובראשם דוד בן גוריון, הדיונים הדרמטיים נערכו בבית קק"ל. ארבע החלטות חשובות התקבלו במהלך הדיונים:
- הכרזה על מדינה יהודית מיד עם תום המנדט הבריטי.
- לקרוא למדינה בשם "ישראל".
- ניסוח "פקודת יסוד המדינה מספר 1" – המסמך שבו נקבעו לראשונה עקרונות המדינה שתקום.
- אישור הגרסה הסופית של מגילת העצמאות של ישראל.
לפני הכרזת העצמאות, בין ה-18 לאפריל ל-14 במאי בשנת 1948, ישבו בבית קק"ל שני המוסדות המרכזיים של של היישוב היהודי: "מועצת העם", שמנתה 37 נציגים ונציגות של 11 המפלגות שפעלו אותו זמן ביישוב ותפקדה ככנסת זמנית ו"מנהלת העם" ותפקדו כממשלה זמנית ראשונה.
לא רבים יודעים זאת, אבל גם הכרזת העצמאות של מדינת ישראל, בתאריך ה' באייר תש"ח, הייתה אמורה להתרחש בטקס צנוע בתוך בית קק"ל. אך כאשר הידיעה על הכרזת העצמאות הגיעה לעיתונות, רבים דרשו וביקשו להיות נוכחים באירוע, ומהר מאוד התברר כי בית קק"ל לא יוכל לאכלס מאות אורחים. הכרזת העצמאות נערכה לבסוף בבית דיזינגוף, בו שכן אז מוזיאון תל אביב לאמנות. אך הדבר אינו מפחית מהתפקיד החשוב שהיה לבית קק"ל בהכרזת העצמאות של מדינת ישראל.