אבל לקרקע הביצות לשעבר היו מספר חסרונות משמעותיים – אדמת הכבול, העשירה בחומר אורגני, ברגע שנחשפה לאטמוספרה בעקבות הייבוש, התחמצנה בקצב מזורז והתרכובות האורגניות שבה התפרקו.
הקרקע היבשה איבדה את חוזקה המכני והתפוררה. כשהיו משבי רוח עזים, בעיקר בתנאי שרב, התרומם אבק רב לאוויר ונישא ברוח והקרקע נסחפה. אדמת הכבול איבדה את נפחה והצטמקה, הן ישירות מהייבוש ומירידת תכולת המים והן בעקיפין בשל סחיפת הרוח, ופני השטח שקעו בהדרגה.
תהליך החמצון שעבר על הקרקע, שהוא תהליך פולט חום, גרם לפעמים להתלקחות ספונטנית תת-קרקעית, שלעתים נמשכה כמה חודשים, ומעת לעת גם לשריפות על פני הקרקע. כדי למנוע את הבעיה היו חקלאי העמק מקפידים להשקות את הקרקעות לא רק כאשר גידלו עליהן אלא גם לאורך כל השנה.