לא רק האצות משגשגות בכינרת. בשבע השנים היבשות שקדמו לשנת 2012, מפלס הכינרת ירד וקו המים נסוג. ברצועת החוף שנחשפה שגשגו צמחים רבים, בעיקר קנים ואשלים. חורף 2012 היה גשום והכינרת שבה והתמלאה. כתוצאה מכך הצמחייה החדשה הוצפה ונוצרה רצועת צמחים סבוכה באזור המים הרדודים, אשר עלולה לפצוע את מי שינסה לשחות דרכה. מינהלת הכנרת, מנהלי החופים ותושבי האזור פנו לרשות המים בבקשה שתרשה לקצץ את הצמחים, אך רשות המים, שאחראית על ניהול, שימור ושיקום הכינרת, הסכימה לקיצוץ מוגבל בלבד.
ברשות המים טוענים שסבך הצמחים שנוצר משמש כבית גידול לבעלי חיים, ובייחוד לדגים – שימצאו בסבך מסתורים להטלה ומסתור מטורפים – ולאזורי אימון של הדגיגים הצעירים. הם חוששים שפעולת כיסוח תפגע במערכת האקולוגית של האגם ובאיכות המים.
בינתיים הרקיב סבך הצמחייה סביב הכינרת ויצר בעיות סביבתיות חדשות:
- במאי 2012, בעקבות עליית המפלס, נוצרו בריכות מים לחופי האגם, שמשכו אליו אוכלוסיות גדולות של יתושים. בחלק מהאזורים תרמה הצמחייה הנרקבת למפגע זה. מלבד העקיצות המגרדות והמטרידות, היתושים עלולים להעביר גם מחלות מסוכנות כמו קדחת הנילוס המערבי. בעקבות התפרצות היתושים יצא המשרד להגנת הסביבה במבצע הדברה גדול, שכלל דילול מוגבל של הצמחייה ושימוש בחומר הדברה ביולוגי שאינו פוגע בסביבה. הפיקוח על מצב היתושים וההדברה שלהם נמשך לאורך כל השנה.
- ביולי 2012 דווח בתקשורת על הופעת עלוקות בחופים שבצפון הכינרת ובמערבה. אנשים שעמדו במים הרדודים סיפרו שרגליהם התכסו תוך דקות במאות עלוקות. עלוקות הן סוג של תולעים טבעתיות, רובן טפילות אשר נצמדות ליצורים אחרים ומוצצות את דמם. העלוקות שהופיעו בכנרת נבדקו, ונמצא שהן ניזונות מתולעים, שבלולים וחסרי חוליות אחרים, אך לא מבעלי חוליות. במילים אחרות: העלוקות אינן מסוכנות לבני אדם, אך החוויה לא כל כך נעימה.
עלוקות בכמות גדולה הופיעו בעבר בכינרת, אבל מדוע הופיעו שוב? בשלב זה אין הסבר חד משמעי לתופעה, שהייתה חריגה, אולם אחת ההשערות היא שהשינויים המהירים במפלס הכינרת או השינויים באוכלוסיית השבלולים באגם (בעקבות השתלטות של מין פולש) גרמו לירידה במספר השבלולים הטורפים את ביצי העלוקות, ומספר העלוקות גדל.
חשוב להבין: התפרצות היתושים והעלוקות בכינרת היא תופעה זמנית. הם התפרצו באגם בזכות התנאים הנוחים שסיפקה להם הכינרת, אך בעקבות ההדברה ועם השינויים במזג האוויר, הם נעלמו מהכינרת תוך זמן קצר.