בעיית זיהום נחלי הארץ בכלל קשה ומטרידה ביותר. מרבית נחלי ישראל, גם אלו שהיו בעבר נחלי איתן, הפכו ברבות השנים לנחלי אכזב. המים הזורמים ברבים מהנחלים מזוהמים בשפכים, בפסולת תעשייתית וחקלאית. רבים ממיני הצומח ובעלי החיים שהיו בסביבתם הטבעית נעלמו. בחלקם נעשים ניסיונות שיקום מקומיים ואף אזוריים. קק"ל מסייעת בשיקום פרויקטים רבים שכאלה ובפיתוחם. לצערנו, ניכר שאין זה מונע, במרבית המקרים, את המשך קיום מקור הזיהום – הן התעשייתי והן החקלאי.
כיום נחל אלכסנדר הוא דוגמה נאה לפיתרון איזורי של בעיית זיהום אשר חוצה גבולות ועל אף שהזיהום לא נעצר (לדאבון כולנו), ויש עדיין מקום רב לשיפור, שווה לציין פרויקט זה בשל הישגיו הנאים מהם כולנו נהנים. נחל אלכסנדר מראה שדווקא במדינה הנתפסת בעולם ככזו הדוגלת בגבולות, הדוגלת במה ששלי שלי ומה ששלך שלך, יכולה להיות התייחסות מיוחדת לסוגיות של זיהום סביבה. נכון שישראל לא מצליחה, בשלב זה, ליישם גישה זו בין כל גבולותיה או בין כל מקורות המים שלה, אך בהחלט אפשר לראות שיש תוכנית מוצלחת הלוקחת בחשבון את חשיבות הטיפול בזיהום גם כשהוא חוצה גבולות.