התנועה הציונית, שיבתו של העם היהודי מן הגלות לחיים ריבוניים בארצו, היא תופעה אנושית יוצאת דופן הכותבת פרק נוסף בתולדות העם היהודי ובתולדותיה של הרוח היהודית. בפועלה של התנועה הציונית נכרכו זה בזה הרצון להפוך את היהודים לעם ככל העמים עם הרצון לחזור אל המקורות היהודיים - הארץ, השפה והתרבות - ולהקים חברת מופת שתהיה אור לגויים. אחרי שנים של יצירה ומאבק הפכה מדינת ישראל למציאות חיה עם אתגרים וזהות משלה ואי אפשר להבין אותה במנותק מעברה.
מטרתו של מכון קק"ל לחקר הציונות וההתיישבות היא לעודד מחקר, עיון וחשיבה מעמיקים על אתגרי העם היהודי בעת החדשה ועל ההתמודדות איתם; על היחסים בין יהודים ונוכרים בארץ ובפזורה ועל הזהות היהודית בזמנים מודרניים; על המקורות הרעיוניים של התנועה הציונית ועל פעולתם של המוסדות שפעלו ליישם אותם; על תולדותיהם של היישוב ומדינת ישראל ועל התרבות והשפה שצמחו בהם; על יחסם של הציונים אל הארץ עצמה ולעברה ועל הדרכים שבהם שינו אותה; על העבר, על ההווה ועל עתידים אפשריים.
סיפורם של הציונות, היישוב ומדינת ישראל הוא סיפור רב מימדי, והוא פתוח למחקר בתחומים מגוונים. לתובנות ביחס לסיפור הציוני יש השלכות על יהודים בארץ ובעולם, על כל תושבי הארץ והאזור, וגם על המשכו של הסיפור המכונן של הדתות המונותאיסטיות.
מכון קק"ל לחקר הציונות וההתיישבות הוקם ב-1989 ביוזמתו של המנכ"ל היוצא שמעון בן שמש, ששימש יו"ר המכון, עם ד"ר גבי אלכסנדר כרכז מדעי. תחילה הוא נקרא המכון לחקר תולדות קק"ל (מלת"ק) ואז, מתוך ההבנה שפעילותה של קק"ל היא חלק משלם גדול יותר, שונה השם למכון קק"ל לתולדות הציונות וההתיישבות. את בן שמש החליף יחיאל לקט שפרש ב-2006 מתפקידו כיו"ר הדירקטוריון של קק"ל. ד"ר אלכסנדר פרש ב-2009 אך המשיך לשמש בתפקידו בהתנדבות. ב-2016 החליף אותו ד"ר מוטי פרידמן, שפרש אז מתפקידו כמנהל אקדמי של הארכיון הציוני ושימש בהתנדבות כממלא מקומם של לקט ושל אלכסנדר.
ב-2018 הוכלל המכון ביחידת המדען הראשי של קק"ל, ובמהלך 2025 נכנס לעבודה הצוות הנוכחי - ד"ר עמית עסיס, ראש המכון, ונטע לנגרמן. ד"ר עסיס הינו חוקר ספרות עברית ותרבות ציונית. בוגר האוניברסיטה העברית, לימודי דוקטורט באוניברסיטת בר אילן, והשתלמות בתר-דוקטורט באוניברסיטת מקגיל בקנדה. ספרו 'לנוכח ערב סתיו מחריש: ס. יזהר והולדת הצבר מרוח הספרות' יצא לאור במכון בן גוריון וזכה בפרס איש שלום מטעם יד בן צבי. בין השנים 2017-2015 שימש כעורך 'סגולה – מגזין ישראלי להיסטוריה'.
מאז הקמתו תומך מכון קק"ל לחקר הציונות וההתיישבות בחוקרים ובמוסדות מחקריים, משתתף בכנסים, וכן יוזם ומסייע בפרסומים ובהנגשה של ידע לציבור כדי לעודד מחקר בתחומי הציונות וההתיישבות. בשנים הקרובות מבקש המרכז להמשיך בעידוד וביצירה של מחקר פורץ דרך ולהדגיש במיוחד את הדיון בטקסטים ציוניים קנוניים ובהנגשתם, ואת הגישור בין העשייה המחקרית ובין הציבור הרחב.