מפעלים רבים מזרימים לים מי ביוב ומשליכים פסולת לנחלים שזורמים אליו. כך הם פוגעים קשות לא רק בחי ובצומח, אלא גם במתרחצים. מכון טיהור השפכים הגדול של גוש דן, השפד"ן, הוא המזהם הגדול ביותר של מזרח הים התיכון, ומזרים אליו בכל שנה כ-5.6 מיליון טונות בוצת שפכים מזוהמת שמכילה שאריות של חיידקים, מתכות כבדות וחומרים המסוכנים לבריאות.
צפריר גדרון, רכז הים בעמותת "צלול", מסביר כי בנוסף מזרימים לים שפכים ומשליכים פסולת לנחלים 100 מפעלים ורשויות שמקבלים היתר לכך. "עקב בעיות בניקוז העירוני מגיע פעמים רבות ביוב לים עקב חיבורים לא חוקיים למערכות הניקוז וגם בעקבות שימוש במערכות ניקוז ישנות, למשל, בשכונות ותיקות במיוחד", הוא אומר.
80% מהפסולת בחופים מגיעה מהיבשה – לא מאוניות או מפסולת שזורקים בלב ים. חלקה כאמור מהזרמת ביוב וממזבלות ומפעלים שמשליכים אשפה לנחלים שמגיעים, כידוע, לים. גדרון: "בכל מקרה, 60% מהפסולת שמקורה ביבשה מגיעה מנופשים בחוף".