המבקרים במשתלה יעברו בתחנות השונות בהתאם לשלבי ייצור השתילים.
תחנה 1 - משרד ורחבת התכנסות
בתחנה זו, בצל סככה גדולה, מקבל צוות המשתלה את פני המבקרים. זה המקום לשמיעת סקירה ראשונית על המשתלה, לקבלת הנחיות בטיחות ועל מהלך הסיור ולהתארגנות.
תחנה 2 - מכולת הנבטה
במכולה מתבצע תהליך הנביטה של הזרעים. קיימים בה תנאים מבוקרים המאפשרים נביטה מיטבית אחידה ומהירה.
מְכוֹלַת ההנבטה פעילה מאמצע פברואר עד אמצע אפריל. במכולה נשמרת טמפרטורה קבועה של 25 מעלות צלסיוס ולחות גבוהה (יותר מ80% ). חלק מהזרעים עוברים טיפול מוקדם לזירוז הנביטה כגון קירור, השריה במים או בחומצה, או טיפול באמצעים מכניים. הטיפול המוקדם תורם לאחידות ומהירות הנביטה.
הזרעים מוטמנים במגשים ובהם מצע גידול (ורמיקוליט) שמכיל דשן מיוחד המשתחרר בהדרגה (דשן שחרור איטי). בכל מגש מוטמנת כמות זרעים שניתן לקבל ממנה 400 עד 600 נבטים, כך שבכל רגע נתון נמצאים במכולה עשרות אלפי זרעים. הזרעים זוכים ל"תעודת זיהוי" ובה פרטים על מין הצמח, מקור חומר הריבוי ותאריך הזריעה.
צמחים זריזים, כגון מיני שיטה, נובטים תוך יומיים. הנבטת זרעי דקלים, לעומת זאת, עשויה להימשך חודש ואף יותר.
תחנה 3 - חממת ריבוי
מגשי ההנבטה מועברים לחממת ריבוי מיד עם הופעת קצה שורש . עד כה, במכולת ההנבטה, המגשים היו מונחים זה על זה ואילו כאן הם נפרשים בקומה אחת, כדי שאפשר יהיה להשקות את הנבטים ולטפל בהם וגם כדי שיוכלו לבצע פוטוסינתזה (הטמעת אור השמש) ולאגור כוח. זהו שלב השלמת תהליך הנביטה.
נבט מוכן להעתקה כאשר הגיע לגודל המאפשר לאחוז בו באצבעות הידיים. יש להעתיק את הנבטים מיד כשהם מגיעים לגודל זה, לפני שהם מפתחים מערכת שורשים מסועפת. ההעתקה מתבצעת באמצעות מקלון (דקר) מיוחד, שקצהו מחודד. בעזרת הדקר יוצרים חור קטן במצע הגידול ולתוכו מכניסים את שורשי הנבט המועתק.
ככל שהטמפרטורות גבוהות יותר, הנבטים צומחים במהירות רבה יותר. נבטי שיטה מגיעים לשלב העתקה תוך שבוע ואילו הדקליים מבלים בחממת הריבוי חודש עד חודש וחצי.
שיטה אחרת לריבוי צמחים היא באמצעות השרשרת ייחורים ובתוספת שימוש בהורמוני השרשה. ההשרשה נעשית בשולחנות השרשה, מקום שבו מעניקים לייחורים תנאי לחות וטמפרטורה מבוקרים. בתחתית השולחנות מותקנת מערכת צינורות המובילה מים חמים בטמפרטורה של 25 מעלות צלסיוס ומערכת ליצירת ערפול, המשמרת את חיוניותו של הייחור. חימום המצע מזרז את יצירת השורשים. קצב יצירת השורשים משתנה בהתאם למין הצמח ולעונת השנה והוא נמשך משבוע ועד כמה חודשים.
תחנה 4 - שטחי גידול צמחים
בתחנה זו מגדלים את השתילים משלב הנבט או ייחור מושרש ועד לשלב השתיל הבוגר, המוכן לנטיעה. הנבטים והייחורים המושרשים מועתקים למגשי גידול. מגשי הגידול מכילים מספר רב של תאי גידול (6, 12 או 24 תאים), כך שכל צמח גדל בתא נפרד. נפח תא הגידול הקטן ביותר הוא 330 סמ"ק (כנפח פחית קטנה של משקה קל) ואילו הנפח של הגדול שבהם עומד על 1,600 סמ"ק (מעט יותר מבקבוק משקה קל משפחתי). המשתלה מגדלת שתילים גם בדליים של 25 ליטר ובשקי ענק של 250 ליטר.
מגשי הגידול נמצאים על משטחי פלסטיק מוגבהים, המונחים על משטח בטון. המשטחים המוגבהים מונעים מגע של מכלי הגידול עם משטח הבטון. מצע הגידול הוא כבול (מצע עשיר בחומר אורגני). ההשקיה נעשית בהמטרה. סידור המגשים על המשטחים המוגבהים מאפשר ניקוז יעיל של עודפי מי ההשקיה ו"קיטום אוויר" של השורשים. 'קיטום אוויר' משמעותו ניוון מכוון של השורשים היוצאים מפתחי הניקוז בתחתית מגשי הגידול. שיטה זו מבטיחה את התפתחותה של מערכת שורשים מסועפת ובריאה בתוך מגשי הגידול ואחוזי הישרדות גבוהים מאוד לשתילים לאחר נטיעתם בשטח.
בשלבים הראשונים לאחר העתקת הייחורים והנבטים, שטחי הגידול מכוסים ברשת צל בכדי ליצור לצמח מעבר הדרגתי מתנאי חממה נוחים יחסית לתנאים חיצוניים של קרינת שמש ישירה.
הצמחים שוהים במגשי הגידול כארבעה עד שמונה חודשים. צמחים הגדלים בדליים שוהים בין שנה לשנתיים לפי מין צמח. צמחים בשקי ענק שוהים בין שנה עד שלוש נוספות (שותלים בתוך השק שתילים שגדלו במגש או בדלי 25 ליטר ).
תחנות 5-8 - חלקות האקלום
בחלקות האקלום קיים מגוון מרשים של מיני צמחים מרחבי העולם. במשתלה קיימות מספר חלקות אקלום, הצמחים מסודרים בהן בהתאם לצורת הצימוח שלהם ולשימוש הגנני שנעשה בהם.
פני השטח בחלקות האקלום מכוסה אריג המכונה 'פלריג' כחיפוי קרקע. זוהי יריעת פלסטיק מיוחדת המאפשרת למי הגשמים לחדור דרכה לקרקע, אך מונעת התפתחות עשבייה וחוסכת את הצורך בשימוש בחומרי הדברה, פעולה שעלולה לסכן חלק ממיני הצמחים שבחלקות האקלום ויש לה השלכות אקולוגיות שליליות. חלקת האקלום הוותיקה ביותר, שנוסדה בשנת 1990, כוללת שיחים, מטפסים ועצים. חלקה ותיקה נוספת מוקדשת לעצים ואילו החלקה השלישית לדקליים ולאקליפטוסים. בשנת 2014 ניטעה חלקת אקלום רביעית. בהתאם לתכנון מוסיפים לחלקות האקלום צמחים חדשים ובעתיד יתווספו למשתלת גילת חלקות אקלום נוספות.
חלקות האקלום ממלאות כמה תפקידים. ראשית, זהו מאגר ענק של מיני צמחים מחמש יבשות, שממנו לוקחים חומר ריבוי (זרעים ו/או ייחורים) ליצירת צמחים לייעור ולנוי בגינון הציבורי. בחלקות האקלום אפשר ללמוד על התפתחות מיני הצמחים בתנאי הקרקע והאקלים של גילת.
בחלקות האקלום מגדלים גם צמחי בר שנמצאים בסכנת הכחדה ומשמשים מעין גיבוי לטבע. פיקוס בת-שקמה (Ficus palmata), קרוב משפחה של התאנה ושל פיקוס השדרות, הוא דוגמה לכך. העץ נפוץ במדבריות קרים ממצרים עד מרכז אסיה וידוע בישראל בשני מקומות בלבד בהרי אילת. צמח נדיר נוסף שצומח בגילת הוא שיזף שעיר (Ziziphus nummularia), הצומח בר בדרום הערבה.
תחנה 9 - מחזור מי השקיה
בתהליך ייצור השתילים נוצרים עודפי מי השקיה הניגרים ממשטחי הגידול. עודפי מי ההשקיה מנוקזים למאגר הממוקם באזור הנמוך של המשתלה. לאחר סינון וטיפול, המים מופנים להשקיה חוזרת של הצמחים בחלקות האקלום. מִחזור המים חוסך שימוש במי השקיה ובדשנים. הפניית עודפי המים להשקיה גם מונעת נזק סביבתי שהיה עלול להיגרם לנחל שמריה הסמוך. כמו כן גם בעונת הגשמים מופנים המים מהשטחים הקשיחים למערכת מחזור מים ונשמרים בקרקע של החלקות השונות במשתלה.