נחלי ישראל הינם מקור חשוב להתפתחות צמחיה ובעלי-חיים ייחודיים ובנוסף הם משמשים אתרי טיול ונופש מוערכים. למרות זאת, במשך הרבה מאוד שנים, לא הקפידו לשמור עליהם מפני זיהום והרס. קרן קימת לישראל ביחד עם גופים נוספים, מכירה בחשיבות הנחלים ורואה בהם חלק בלתי-נפרד מנופיה של הארץ. קק"ל מסייעת בשיקומם ובניקיונם, מחזירה את צמחיית הגדות שלהם והופכת אותם לפארקים ירוקים ויפים. דוגמאות לנחלים שבהם בוצעו פרויקטים של ניקוי ושיקום הם הנחלים: באר שבע, אלכסנדר, חדרה, ציפורי, השופט, שורק, הבשור, הקישון, הירקון ועוד.