מיד לאחר מלחמת השחרור והקמתה של מדינת ישראל החליטה הממשלה לייבש את החולה ואת שטחי הביצות שמצפון לה. בסמוך להחלטה זו החליטה ממשלת ישראל, לאחר התלבטויות רבות ולאחר פעילות צבאית בצפון, על הקמת מפעל המוביל הארצי, שמשמעותו – שימוש בכנרת כמאגר רב-שנתי לאספקת מי שתייה לתושבי המדינה.
שאיבת מים אינטנסיווית מהכנרת החלה רק בשנת 1972. לפני הקמת המדינה, בשנת 1933, הוקם סכר דגניה והועמק אפיק הירדן ביציאה מהכנרת – פעולות שאפשרו לאחר מכן שליטה בגובה המפלס באגם. חברת החשמל, שהקימה ביזמתו של פנחס רוטנברג את המפעל ההידרואלקטרי בנהריים, ובהקשר אליו את סכר דגניה, ערכה מדידות מדויקות של קרקעית הירדן ביציאה מהכנרת. רום הקרקעית שנמדד שם היה 212.35 מ' מתחת לפני הים. מאז נחנך המוביל הארצי (1964) נמצא מפלס האגם בתהליך רב-שנתי של ירידה: בשנים שיטפוניות הוא עולה זמנית, אבל המגמה השלטת היא ירידה. במחזור שנתי הוא עולה כל שנה בחורף, וחוזר ויורד בקיץ. ככל שכמות המשקעים נמוכה יותר – ירידת המפלס חריפה יותר, מכיוון שכמות המים הנצרכת עולה משנה לשנה ללא כל קשר למצאי במקורות. יש ירידה מתמשכת בכמות המשקעים באגן היקוות הכנרת, והספיקות בירדן יורדות כך שתרומה טבעית ממקורות המים לכנרת נמצאת בירידה.
אולם יש לזכור שבצורת היא תופעה שכיחה מאוד באזורנו מאז ומתמיד. מאז סוף המאה ה-19 היו באזורנו ארבעה מקרים של ארבע שנות בצורת רצופות, תקופה אחת של 14 שנות בצורת רציפות, תקופה אחרת של חמש שנות בצורת רציפות, ועוד ארבע תקופות של שלוש שנים רציפות של בצורת. שיאי בצורת שנתיים במשך 150 השנים האחרונות היו בטווח של 35%–79% מתחת לממוצע הגשמים הרב-שנתי.
במהלך התקופה של 1970–2008 היו מפלסי הכנרת ב-87% מהחודשים בטווח של 209–213 מ' מתחת לפני הים. ב-7% מהחודשים ירדו המפלסים אל מתחת ל-213 מ', וב-6% הנותרים היו המפלסים גבוהים מ-209 מ' מתחת לפני הים. נתונים אלה באים ללמדנו שבצורת היא תופעה שמלווה אותנו כל הזמן.
אבל מה שגרם למשבר המים הנוכחי ולזה שקדם לו היא קודם כול העלייה בצריכה, שמקורה במספר תושבים עולה ובעלייה ברמת החיים, שעמה צריכה גוברת למי שתייה. הצריכה לתעשייה כמעט לא משתנה, ואילו הצריכה לחקלאות בחישוב ליחידת תוצרת רק יורדת בגלל שכלול בייצור החקלאי וגם בגלל השימוש הגובר במים מושבים. נמצא שהקשר בין תרומת נוטריאנטים חיצונית לאגם ובין ספיקת הנהרות הנכנסים אל האגם (ובעיקר הירדן, המהווה 65% מתרומת המים לכנרת) הוא לינארי חיובי: יותר מים – יותר נוטריאנטים ולהפך. הקשר בין כמות המשקעים באגן ההיקוות, ספיקת הנהרות וגובה המפלס באגם הוא חיובי באופן ברור. ככל שיורדים פחות משקעים, וכתוצאה מכך הספיקות פוחתות והמפלס יורד, יורדת גם כמות הנוטריאנטים השופעת מבחוץ אל האגם.
בלי קשר לכך נרשמה גם ירידה ארוכת שנים בריכוז של החנקן במי הירדן. מאז אמצע שנות השמונים יש ירידה חדה בכמות המשקעים באגן היקוות הכנרת. אם בודקים את מצב המפלסים לאורך כל התקופה שמאז הוקם סכר דגניה (1933), נראה כי עד להפעלת המוביל הארצי הראה המפלס מגמת עלייה רב-שנתית, ומאז – מגמת ירידה רב-שנתית. מעניין לציין כי ניתוח סטטיסטי של סדרת נתונים (1970–2008) מראה על מגמות שינוי דומות גם בנוגע לטמפרטורות האוויר באגן ההיקוות והמים בכנרת: ירידה עד אמצע שנות השמונים ועלייה לאחר מכן.
אם נוסיף למציאות זו את הנתון המכביד של עלייה בביקוש למי שתייה, נבין מדוע המפלס יורד. אבל זאת לדעת: ככל שמתגברת המגמה הזאת, שתוצאתה הסופית היא מפלס נמוך יותר, כך משתפרת איכות המים, ודוחות הניטור המפורטים של המעבדה לחקר הכנרת של השנתיים האחרונות מאשרים זאת בבירור.
נמצא שבמשך השנים חלה ירידה משמעותית בריכוז של כל צורוני החנקן במי הכנרת, ולעומת זאת הריכוז של צורוני הזרחן עלה במשך שנים אחדות או שלא השתנה בשנים אחרות. כתוצאה מכך ירד היחס בין ריכוזי החנקן לזרחן במי האגם משמעותית. מצב נוטריאנטים כזה גרם לירידה דרסטית עד קרוב להיעלמות מוחלטת של מרכיב האצות הגדולות במים (פרידיניום), ולעלייה במרכיב של האצות הקטנות ובעיקר כחוליות. בין האצות הכחוליות הופיעו גם מינים רעילים והתגברו מינים שהיו ידועים כבר בעבר. שתי קבוצות אחרות של אצות קטנות עלו גם הן בגלל הרמה הגבוהה של זרחן, ירוקיות וצורניות. הכחוליות שהתרבו עשו זאת מכיוון שהן מסוגלות לבצע תהליך של קיבוע ושימוש בחנקן ממקור אטמוספרי, ולכן מחסור בנוטריאנט זה במים לא מפריע להן.
הסיכום הכולל של תהליכי המפלס הנמוך הוא ירידה בכמות הכוללת של צורוני החנקן והזרחן בשכבות המים העליונות של הכנרת, השתנות היחס ביניהם לטובת הזרחן וירידה דרסטית בכמות האצות הגדולות. לעומת זאת עלתה כמות האצות הקטנות. במילים אחרות, אגם הכנרת הפך ממערכת בעלת חנקן עודף בשנות השבעים והשמונים, שהגורם המגביל בה הוא זרחן, למערכת שקיים בה מחסור בחנקן, שהפך להיות הגורם המגביל עבור החיים הביולוגיים של הכנרת. החלקיקים המרחפים במי הכנרת, שהם בעיקרם אצות, מכילים כיום פחות חנקן מבעבר. החשוב מכול למשק המים הוא שהכמות הכללית של האצות במי הכנרת (ביומסה) תהיה נמוכה יותר במפלסים נמוכים, לתועלת הטיפול בהם לצורך אספקתם.
מבחינה פיזיקלית ירידת מפלס מקטינה את הנפח של שכבת המים התחתונה (היפולימניון) בזמן חלוקת האגם לשכבות בקיץ. כתוצאה מכך שטח הפנים וההיקף של שכבת הביניים המפרידה בין שכבת המים העליונה (אפילימניון) לשכבה התחתונה (היפולימניון), הנקראת טרמוקלינה, נעשים קטנים יותר. המיקום של הטרמוקלינה במפלסים נמוכים נעשה עמוק יותר במטר וחצי בהשוואה למיקומה במפלסים גבוהים. בחישוב גאומטרי נמצא שאם יורד המפלס מ-210 מ' ל-214 מ' מתחת לפני הים, הקו המעגלי המקיף את הטרמוקלינה נעשה קצר יותר ב-7 ק"מ, וכתוצאה מכך שטח הקרקעית המשתפשף בשולי הטרמוקלינה שמתנדנדת בקיץ כמה פעמים ביום נעשה קטן יותר ב-25%, ופחות חומר חלקיקי מרחף ממנה לתוך המים על ידי חיכוך זה לטובת איכות המים. המצב הזה השפיע גם על בעלי החיים המיקרוסקופיים (זואופלנקטון). מכיוון שריכוז החנקן בתוך המזון שלהם ירד, הם צריכים לאכול יותר (ולכן גם להפריש יותר) כדי למלא את דרישתם לחנקן, וכתוצאה מכך הם מפרישים (ממחזרים) יותר זרחן למים שממנו נהנות האצות הקטנות.
הבעיה החמורה ביותר של אספקת מים מהכנרת לכל חלקי הארץ, בעיקר לתצרוכת ביתית ולחקלאות ולתעשייה, היא העובדה שממקור מים זה מיוצאות לקרקעות המדינה ולאקוויפרים שלה כמויות גדולות של מלחים. מלחים אלו ממליחים את קרקעות ישראל ואת האקוויפרים שלה. במשך 43 שנות פעולת המוביל הארצי יצאו מהכנרת כ-13 מיליארד מ"ק מים, שנשאו כ-8 מיליון טונות של מלחים שונים; זאת משום שבמי הנגר בנחלים השופעים אל הכנרת יש ריכוזים נמוכים מאוד של מלח, ובאגם ריכוז המלחים עולה עד למעלה מפי עשרה בהשוואה למים הנכנסים על ידי שפיעה של מעיינות מלוחים תת-ימיים.
בעבר חשבו שיש קשר בין גובה המפלס באגם וקצב כניסת המים המלוחים: מפלס גבוה גורם ללחץ הידרוסטטי גבוה שמקטין את השפיעה, ולהפך. כיום ברור שהמנגנון שונה לגמרי: כאשר יורד הרבה גשם ויש זרימות על-קרקעיות ותת-קרקעיות אל האגם והמפלס גבוה, נכנסות כמויות גדולות יותר של מלח אל האגם. בשנות בצורת, כשהזרימות אל האגם פוחתות והמפלס נמוך, פוחתות גם כמויות המלח הנכנסות. אבל ישנו גורם נוסף המשפיע על ריכוז המלח בכנרת: מאזן המים של האגם. כל שנה, ללא שום קשר לבצורת או לשיטפון, מתאדים כ-280 מיליון מ"ק של מים מהאגם אל האטמוספרה. המים המתאדים הם מים מזוקקים, וכתוצאה מהתאדותם ריכוז המלחים עולה. אם כניסת המים המתוקים מהנחלים (בעיקר בקיץ של שנות בצורת) נמוכה יותר מכמות המים המתאדים, מופר האיזון וריכוז המלח עולה. מכאן שירידה רב-שנתית של כמויות המים המתוקים יכולה להביא לעלייה בריכוז המלח, אם נצמצם שאיבה ונשמור על מפלס קבוע. אולם אם במקרה של חוסר איזון בין כמות המים המתוקים הנכנסת ועלייה בריכוז המלח נמשיך את השאיבה, נקטין על ידי כך בצורה יעילה יותר את כמות המלח הכללית באגם, ושנה לאחר מכן, אם ייפתחו ארובות השמיים לרווחה, יקטן גם ריכוז המלח. להצעה זו יש מגרעת אחת, והיא שעל ידי כך יומלחו עוד קרקעות הארץ. כאן נדרשת הנהגת משק המים לקבוע סדרי עדיפויות בעוצמת הנזק ולהחליט אם להקטין את ריכוז המלח העתידי באגם ולהרוויח מים לאספקה בקיץ קשה, כמו הנוכחי, על חשבון ההאצה בהמלחת קרקעות הארץ.
זה מביא אותנו לפרק הסיום: מה בעתיד? כאשר הדרישה הנוכחית היא ל-750 מיליון מ"ק של מים, כשתוך פחות מעשר שנים היא תהיה מיליארד מ"ק, תוכל הנהגת משק המים לממש זאת רק על ידי התפלה. ומהן החלופות הנמצאות בדיון?
תעלות הימים ים סוף-ים המלח: חלופה זו יקרה, תפגע באקולוגיה של ים המלח על ידי הסולפטים שיתנקזו לתוכו, תפגע באקולוגיה של ים סוף, שיישאבו ממנו כל שנה 2 מיליארד מ"ק מים, ועלולה לפגוע באקוויפרים שבעמק הערבה כתוצאה מחלחול מי ים, במקרה של רעידות אדמה השכיחות באזור.
חלופה שנייה: תעלה מהים התיכון לעמק הירדן. גם חלופה זאת יקרה, וגם במקרה שלה ייכנסו סולפטים לים המלח, ויפגעו בתכונות האקולוגיות שלו.
האלטרנטיווה ההגיונית ביותר למשק המים מבחינה כלכלית ומבחינה אקולוגית היא להקים לאורך קו חוף הים התיכון תחנות התפלה שיספקו את כל התצרוכת הלאומית שלנו, ופשוט לסגור את המוביל הארצי. את כל המים של אגן היקוות הכנרת יש לייעד לצורכי צפון הארץ הסמוך לו, ולשלוח כל כמות אפשרית בדרך הירדן הדרומי לים המלח, תוך שמירה על מפלס ברום קבוע מראש בכנרת. זו תוכנית כלכלית ביותר, שתאפשר גם להחיות את הירדן בין הכנרת לים המלח, וגם להאט את קצב ירידת המפלס של ים המלח. מים אלו "מוכרים" למערכת האקולוגית של ים המלח, ולא יפגעו בה.