למזלנו, זנים של גפנים ליין מאותם ימים רחוקים הסתגלו לחיי הבר ושרדו עד ימינו. ייתכן גם שחקלאי סורר גידל פה ושם גפן יין לתצרוכת אישית. ואולי, כמו שאומר סוהיל זיידן, מנהל מדור מטעים, חורש טבעי ומרעה בקק"ל, בכפרים הערבים המשיכו לגדל גפנים שמתאימות לתעשיית יין לא בגלל הפרי, אלא בגלל העלים. אלה הן גפנים בעלות עלים דקים וגדולים, חסרי אונות, שמתאימים במיוחד להכנת עלי גפן ממולאים.
חנוך צורף וגידי בשן, אנשי קק"ל המטפחים את אתר הסטף יותר מ-25 שנה, אספו לחלקות השימור שבמקום עשרות זנים של עצי פרי ארצישראליים ובהם גם גפנים. "התחלנו את המחקר שלנו בזני ענבים מהסטף", אומר אלישיב דרורי. "מצאנו בו זנים שמתאימים ליין. לגלגולי השמות של שניים מהם – ג'נדלי וחמדאני – יש תיעוד מסוף ימי בית שני עד ימינו". פרופ' זהר עמר מאוניברסיטת בר אילן וחבריו חקרו ומצאו שרבי מנחם די לונזאנו, שחי בירושלים בשלהי המאה ה-16, מזכיר בכתביו שבירושלים יש שני מיני יין - גינדלי וחמדני, והוא אף נותן בהם סימנים: ענבי הגינדלי רכים בלעיסתם ויינם חלש ואילו החמדני קשים בלעיסתם ויינם חזק. ביקב כרמיזן מייצרים יין משני זנים אלה.
במסע של אנשי המחקר אל הגפנים העתיקות הם אינם מסתפקים בגלגולי שמות ורותמים לעזרתם גם את מדעי הארכיאולוגיה, הגנטיקה והחקלאות ואוספים גפנים מכפרים עזובים ומפינות נידחות ברחבי הארץ. עד כה גילה המחקר יותר מ-400 זנים של גפנים. 150 מהם הוכחו גנטית כאותנטיים, ייחודיים לארץ ישראל ושונים לגמרי מהזנים האמריקאיים והאירופיים שמגדלים בישראל כיום. כעשרה מהם נמצאו מתאימים לגידול ולייצור יין.
במהלך המחקר החוקרים אוספים חרצני גפן מחפירות ארכיאולוגיות הנערכות ברחבי הארץ. הם בודקים גנטית את החרצנים האלה כדי לגלות קווים משותפים לזני גפנים ששרדו עד ימינו. ממצא מעניין במיוחד התגלה בחפירות העופל שבעיר דוד. הארכיאולוגית ד"ר אילת מזר מצאה ענבים שלמים שנשרפו בחורבן שפקד את המקום במחצית השנייה של המאה ה-10 לפנה"ס (ימי שלמה המלך). לידם, על מכל אגירה גדול, נמצאה כתובת. פרופ' גרשון גליל, שהציע פענוח של הכתוב, טען כי חרוטות שם המילים "יין חלק" (הכוונה כנראה לסוג יין שאיננו איכותי במיוחד).
החפירה הארכיאולוגית הניבה חרצנים שלמים במצב מצוין. כעת עוסקים החוקרים בזיהוי הממצאים הארכיאולוגיים האלה, בניסיון להתאימם לזנים החיים כיום באוסף. החוקר אבשלום קרסיק יצר מגדיר תלת-ממדי לחרצנים, המאפשר זיהוי זן הגפן על בסיס צורתו התלת ממדית של החרצן. ואם לא די בכך, במעבדה מבודדת בקמפוס של אוניברסיטת אריאל יצרו רצף די-אן-איי של הזרעים הקדומים וכעת מבקשים להשוות אותו לחרצנים של זני ענבים שנמצאו בשטח.