עין בוטם – מעיין קטן ולידו שרידי הכפר הערבי בוטימאת, שתושביו עזבוהו במלחמת העצמאות.
עין כפר – עין כפר נובע מתוך חדרון הבנוי בלוקים חשופים, שאינו עושה חסד עם המים הצלולים הנובעים מתוכו. בחורף המעיין יוצר פלג קטן, בגיא של נחל תנינים עילי. המעיין והמכלאות שמסביבו משמשים את עדר הבקר של הקיבוצים עין השופט ומשמר העמק. במדרון היורד אל אזור המעיין צומח פרט מפואר של אלון התבור.
השם עין כפר הוא תרגום ישיר של שמו הערבי של המעיין - עין אל־בלד, שם שמסתדר במקרה גם עם שמו של הכפר ששכן כאן עד מלחמת העצמאות - כפרין (בערבית: כְּפָרַיִים, שני כפרים). ישנה סברה שבתקופה הצלבנית כינו המוסלמים את המקום כֻּפְר, מלשון כפירה. מאוחר יותר, כדי שלא לפגוע ברגשות התושבים המוסלמים שישבו בו, טשטשו את מובן המילה וקראו למקום כפרין.
מעיין התאנה – פינה נעימה של מעיין הנובע מתוך מערה קטנה ולצידו עץ תאנה גדול ומצל, כ-300 מ' מצפון לעין כפר.
גבעת יאשיהו – השיפולים המזרחיים של רמת מנשה מתנשאים מעל עמק יזרעאל בזכות קו שבר העובר לרוחב הארץ – הגלבוע, רמת משה והכרמל. קו המגע של השבר הוא מקור להתפרצויות געשיות, שהולידו גבעות בזלת. גבעת יאשיהו היא אחת מהן. הגבעה נקראה בערבית "תל אל אסמר" (התל השחור), על שום סלעי הבזלת השחורים. השם העברי מנציח את המלך יאשיהו, שנהרג בקרב מגידו מול פרעה נכה (610 לפנה"ס). בגבעה נמצאים שרידי מצודה שפעלה מהתקופה הפרסית (מאה 4 לפנה"ס) עד התקופה הביזנטית (מאה 7 לספירה). מראש הגבעה תצפית יפה על עמק יזרעאל ותל מגידו.
לגיו - לגיו הוא אתר עתיק, ששמו מנציח את מחנה הלגיון השישי, פראטה, ששכן קרוב יותר לצומת מגידו. מהשם לגיו נגזר גם שמו של הכפר הערבי לג'ון, ששכן מדרום לנחל קיני. שרידים מבית הקברות של הכפר נמצאים בלגיו, מצפון לנחל. במפות נקרא המקום חורבת כפר עותנאי. נראה כי העיירה הזו, שהתקיימה בימי המשנה והתלמוד, שכנה מדרום לנחל קיני, במקום שבו נמצא כיום כלא מגידו.
נחל קיני – שביל מגידו עובר בנחל קיני לאורך קטע של מעט יותר מקילומטר. השביל ממגיע לעינות לגיו – שתי נביעות של מים צלולים, הנאספים במורד הנחל לבריכה גדולה. השביל עובר בין עצי יער, עצי תאנה, בוקיצה שעירה וצמחים הקשורים לבתי גידול לחים עובר ליד שרידי טחנת קמח ומגיע לעינות קיני. מעינות קיני עד לצומת מגידו, נקודת הסיום של מקטע 2 בשביל מגידו, אפשר לגלות את שרידיהן של שתי טחנות קמח נוספות.